Прекогранична и регионална сарадња у Србији је финансирана из CARDS фонда  ЕУ од  2004. до 2006. године, а у наредном периоду 2007.-2013. ће је ЕУ подржати кроз другу компоненту претприступног инструмента IPA. Конференција "Програми прекограничне сарадње – Србија успешна прича" је одржана 11.03.2008. године, у организацији Министарства финансија, као националног координатора Програма прекограничне сарадње. Истакнут је значај ових програма у региону и Србији, као и изузетан успех апликаната који су у досадашњем програмском периоду искористили 95% расположивих средстава ЕУ, што показује развој капацитета на локалном нивоу и све већу спремност за коришћење ЕУ фондова.

Циљ програма прекограничне сарадње је да се смањи разлика у нивоу развијености између региона ван граница ЕУ и промоција социо-економске и културне сарадње између локалних заједница. У програмском периоду од 2004 -2006.године у Србији је спроведено 125 пројеката укупне вредности од око 13 милиона евра у пограничним областима са Мађарском, Румунијом и Бугарском као и у оквиру CADSES и Јадранског програма. У наредном периоду 2007-2013 су први пут отворени прекогранични програми са државама које нису чланице ЕУ, између Србије и Хрватске, Босне и Херцеговине и Црне Горе, а учешће у Јадранском програму Србији је продужено у циљу континуитета институционалне сарадње из претходног програмског периода. На конференцији су презентовани најуспешнији пројекти имплементирани у претходном периоду у оквиру 3 програма прекограничне сарадње:

1. Мађарска–Србија:  пројекат Палић Зоо врт – "Два европска зоо врта - унапређење едукације и заштите животне средине"
2. Румунија–Србија: пројекат Општина Вршац – "Знакови за будућност"
3. Бугарска–Србија: пројекат Општине Бољевац – "Бољевац – Кула добре комшије и пријатељи"

У периоду 2007.-2013. Србија ће учествовати у програмима са ЕУ чланицама по принципу "интегрисаног управљања", што значи да одговорност за спровођење програма лежи на земљама чланицама ЕУ, односно делегацији Европске Комисије у Србији, а правила су јако слична правилима управљања структурним фондовима у ЕУ. То додатно захтева развој капацитета на централном нивоу (увођење децентарлизованог система управљања са свим потребним структурама), као и на локалном нивоу, кроз сталну обуку апликаната.

У Републици Србији биће отворено 8 програма прекограничне и транснационалне сарадње у периоду од 2007. до 2013. године, за које је обезбеђено финансијско учешће ЕУ. У оквиру сваког програма, Програмским документом су предвиђени приоритети, односно мере и активности из области заштите животне средине у оквиру којих ће бити могуће предлагати пројектне предлоге.

Програм Мађарска – Србија (6,1 милиона ЕУР),
Приоритет 1. Инфраструктура и животна средина кроз мере
1.1. Инфраструктура у циљу физичких спајања, и
1.2. Заједничка одговорност за очување животне средине

Програм Румунија – Србија (7,2 милиона ЕУР),
Приоритет 2. Заштита животне средине и реаговање у ванредним ситуацијама, кроз следеће мере
2.1. Побољшање система и начина за одређивање прекограничних еколошких проблема, заштиту и управљање
2.2. Развој и имплементација ефикасних стратегија за третирање отпада и отпадних вода

Програм Бугарска – Србија ( 5,7 милиона ЕУР),
Приоритет 1. Развој малих инфраструктура,  кроз меру
1.2. Инфраструктура која се односи на заштиту животне средине

Програм Хрватска – Србија (3,0 милиона ЕУР),
Пиоритет 1. Одрживи друштвено – економски развој,  кроз меру
1.2. Заштита животне средине

Програм Босна и Херцеговина – Србија (3,3 милиона ЕУР)
Приоритет 1. Друштвено – економски развој кроз заједничке активности којима се унапређује физичка, институционална и пословна инфраструктура, кроз меру
1.1. Унапређење продуктивности и конкуренције у коришћењу економских, руралних и капацитета животне средине

Програм Црна Гора – Србија обезбеђено је 1,5 милиона евра, једна од наведених области подршке кроз меру
1.1. Унапређење продуктивности и конкуренције у коришћењу економских, руралних, културних и капацитета животне средине

Програм транснационалне сарадње "Југоисточна Европа", који је настао на основу поделе CADSES програма из претходног периода (2,8 милиона ЕУР)
Приоритет 2. Заштита и унапређење животне средине, кроз следеће мере
2.1. Побољшање интегрисаног управљања водом и превенција ризика од поплаве;
2.2. Побољшана превенција ризика који могу угрозити животну средину
2.3.Промовисање сарадње у области управљања природним ресурсима и заштићеним областима
2.4. Промовисање енергетске ефикасности и употребе других ресурса

Јадрански програм (1,46 милиона ЕУР),
Приоритет је економска, социјална и институционална сарадња.

Очекује се да ће позиви за прикупљање предлога пројеката у оквиру ових програма бити расписани крајем 2008 године. Потенцијални предлагачи пројеката су непрофитне организације чије је седиште на територији обухваћеној програмом, које имају бар једног прекограничног партнера. Детаљније информације о поступку аплицирања и пратећим активностима - инфо данима који ће бити организовани на територији програма, форумима за тражење прекограничних партнера као и сва потребна документација са упутствима за апликанте ће бити доступна на веб-адреси Министарства финансија, Сектор за програмирање и управљање фондовима ЕУ и развојном помоћи, под секцијом Суседски програми:
http://www.evropa.sr.gov.yu/Isdacon/PublicSite1/NP_Default.aspx